在中國－東盟自貿區建成以后，根據原產地原則，必須在自貿區國家原產價值超過４０％的商品才能享受自貿區政策，而剩余６０％的非原產價值所需原材料，需進入保稅港區、綜合保稅區等海關特殊監管區域才可以享受相關政策。在保稅區進行生產再進入東盟市場，能夠大大節約成本。因此，保稅區將成為新形勢下推進貿易便利化、促進區域經貿發展的重要平臺。      
    ――保稅區是推進貿易便利化的特殊載體 　　 
    作為促進經濟資源全球配置的重要措施，貿易便利化在經濟發展中的作用日益凸顯，海關監管作為國際貨物流動鏈條上的重要環節，在推進貿易便利化的進程中扮演著至關重要的角色。而保稅區，作為一種特殊的海關監管區域，則成為推進貿易便利化過程中先行先試的特殊載體。      
    保稅區具有進出口加工、國際貿易、保稅倉儲商品展示等功能，享有“免證、免稅、保稅”政策，實行“境內關外”運作方式，是我國對外開放程度最高、運作機制最便捷、政策最優惠的經濟區域之一。在一般保稅區的基礎上，還延伸出綜合保稅區、保稅港區等更為高級別的保稅區域。      
    海關總署副署長魯培軍說，一大批綜合保稅區、保稅港區、出口加工區等海關特殊監管區域為中國的加工貿易和保稅物流發展提供了重要載體，海關特殊監管區域已成為中國各地方政府招商引資的金字招牌。這些海關特殊監管區域一方面規范了海關對加工貿易和保稅物流的管理，另一方面區內企業也享受了特殊優惠政策，極大地提高了企業競爭力，促進了企業發展，進而促進了中國對外貿易的發展。      
    以我國第一個綜合保稅區蘇州工業園區綜合保稅區為例，該區于２００６年１２月１７日由國務院批準設立，規劃面積５．２８平方公里。區內現有生產企業９７家，物流企業３４家，貿易公司４１家，投資總額３０億美元。封關運作以來，綜合保稅區各項業務快速增長：２００８年，共監管貨值７２３億美元，貨運量２４７萬噸，受理報關單９３萬份，入庫稅款６１億元。今年ｌ－９月份，已監管貨值４４７億美元。      
    蘇州工業園區綜合保稅區管理委員會主任楊知評表示，實踐證明，海關不斷推出的特殊監管區域、特定監管辦法，對先進制造業的發展、對中國的開放型經濟發展，起到了重要支撐和促進作用。      
    據悉，在中國－東盟自由貿易區即將建成之際，處于中國東盟合作前沿地帶的廣西，接連獲準設立保稅區，包括欽州保稅港區、憑祥綜合保稅港區、南寧保稅物流中心等。      
    ――保稅區在新形勢下發展面臨難題      
    作為特殊的海關監管區域，要發揮保稅區在貿易便利化方面的促進作用，必須協調好海關、政府與企業等各方的關系。而在當前資源配置日益國際化的今天，傳統的保稅區已經不適應貿易發展的需求，亟需尋找新的轉型之路。 
    廣西壯族自治區黨校教授張家壽說，從保稅區目前的情況來看，主要存在以下幾個問題：      
    一、管理體制和政策不協調。據介紹，先立法后設區是國際上設立自由貿易區的通行做法，而我國保稅區在立法方面遵循的是先實踐再立法的模式，且缺乏體現國家行為的全國統一立法。只有地方出臺相關規章，但由于立法層次較低，對其他部門協調效力有限，導致對保稅區的政策政出多門，使我國保稅區的國家行為缺少統一性和穩定性。      
    二、一些現行政策制約保稅區的發展。比如，國內貨物進入保稅區要實際離境才能退稅，很多企業認為不但增加了資金占用，加大了經營成本，而且影響出口產品國產化率的提高，不利于國內產品擴大出口；對進出區貨物采取“一刀切”報關做法無法滿足企業多元化經營需要。近年來，國內國際市場融合日益緊密，越來越多的企業既從事“兩頭在外”的外向型業務，也開始發展“兩頭在內”的內貿型業務。而現行進出區貨物一律采取報關制做法，不但增加通關時間和成本，還使企業面臨關稅征收和貿易管制等問題。如有的區內企業從國內采購特定商品，需向商務部申辦出口許可證，而在區外就不用辦理，使一些保稅區企業只好遷出保稅區發展。此外，進出區手續繁雜也影響區內功能的充分發揮。      
    三、保稅區之間以及區內各類產業之間發展不平衡。由于設立的保稅區過多，各個保稅區所在地的產業基礎和區位條件差別很大，保稅區之間的發展不平衡。如在信息化建設方面，有的保稅區至今仍在使用紙面手冊管理，在一定程度上影響了海關的工作效率，也跟不上企業多元化發展的需要。      
    四、保稅區發展后勁不足。保稅區內土地有限，多數保稅區已布滿加工制造業，發展空間受到制約，難以吸引到有購地需求的國內外大中型投資項目。隨著國家間關稅水平下調，進口保稅分撥的政策優勢也逐步減弱。     
    專家表示，在這種情況下，必須重新設計保稅區政策，實行功能轉型。     
    ――在繼續提升水平的基礎上向“自由港”邁進 　　 
    眾多業界專家表示，保稅區的分化發展已是一種必然，而不斷提升綜合水平、進一步轉型為自由貿易區也已經成為許多保稅區的努力方向。 　 
    楊知評介紹，為進一步提升保稅區的功能，保稅區需要從以下兩方面完善建設：      
    一是積極推動服務貿易便利化。在傳統貨物貿易的基礎上，大力發展服務貿易，積極支持物流、展覽展示等新興產業發展，引入更多的信息服務外包企業，將園區努力打造成為以虛擬口岸為依托的現代商貿物流運營中心示范區。      
    二是加速提升信息化、電子化監管的水平。在海關等部門的指導下，繼續完善綜合保稅區信息化管理系統的建設；推廣電子車牌、ＧＰＳ電子關鎖等信息化監管手段；研究推動進境地／出境地與指運地／起運地之間物流信息和報關信息的共享等。     
    還有專家表示，全國各個保稅區的區位、港口條件、區內產業結構和發展水平有很大差異，發展目標無須強求一致。在多數保稅區繼續發展區內出口加工業，并入經濟技術開發區或向臨港出口加工區轉型之外，應選擇幾個保稅區實行區港聯動，突出口岸貿易、轉口貿易和國際物流服務功能，逐步向自由貿易港區轉型。實行區港一體，以口岸國際物流業為核心功能，發展貿易、海運、理貨、海運代理、貨代、倉儲、商展、信息、金融等業務，為進出口貿易、國際轉口貿易提供便利、優質和低成本的物流服務，促進我國沿海幾個集裝箱大港發展成為國際樞紐港。      
    對于廣西幾個保稅區的發展，廣西北部灣經濟區規劃建設管理委員會副主任陳瑞賢表示，要根據各個保稅區域的特點選擇不同的發展路徑，比如，欽州保稅港區要發揮拆拼箱、即時退稅等政策優勢，為西南、中南、華南向世界發達地區出口和東盟國家走進中國市場提供一個便捷、低成本的平臺；憑祥綜合保稅區要發揮位于南寧－新加坡經濟走廊和中越邊境上的特點，建設成為跨境經濟合作區；南寧保稅物流中心則可依托公路、鐵路以及航空運輸的優勢，充分發揮作為西南出海大通道的樞紐作用，形成保稅物流集散中心。