財政部、國家稅務總局日前聯合發布通知，明確自2008年12月15日起，對取得交通運輸部頒發的“臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證”且公司登記地址在臺灣的航運公司從事海峽兩岸海上直航業務在大陸取得的運輸收入和所得，分別免征營業稅和企業所得稅。通知還指出，享受企業所得稅免稅政策的臺灣航運公司應當按照企業所得稅法條例的有關規定，單獨核算其從事上述業務在大陸取得的收入和發生的成本、費用；未單獨核算的，不得享受免征企業所得稅政策。這是大陸繼2007年出臺對福建沿海與金門、馬祖、澎湖“小三通”海上直航業務免征有關稅收后，對兩岸三通出臺的又一利好稅收政策。據統計，當前兩岸共有18家公司的30余艘船舶從事兩岸三地集裝箱班輪運輸。另有不定期的兩岸三地散雜貨運輸，貨種達1200余種。