1995年，黨中央國務院做出建設上海國際航運中心的重大決策。 
 1996年1月16日和11月27日,李鵬總理兩次在上海召開專題會議，并明確“近期上海國際航運中心建設要做的六項工作”。 
 1996年5月10日，成立上海國際航運中心上海地區領導小組，并下設“國航辦”。 
 1996年11月28日，上海市政府和原交通部共同組建上海航運交易所。 
 1997年，上海組合港管委會成立。 
 2000年11月3日，江澤民同志對上海國際航運中心洋山港建設做出重要批示。 
 2001年6月27日，上海市委成立上海市深水港工程建設指揮部黨組。 
 2002年3月13日，國務院通過洋山深水港區一期工程可行性研究報告和開工報告，并同意授權上海市管理洋山港港政、航政和口岸管理的方案。 
 2002年6月，洋山深水港區一期工程開工建設。 
 2003年1月27日，上海港管理體制改革，成立上海市港口管理局，撤銷國航辦的建制；由市港口局掛國航辦的牌子。 
 2004年，外高橋保稅物流園區通過驗收并運營。 
 2005年，長三角率先開展區域“大通關”建設。 
 2005年，上海港成為世界第一大貨運港。 
 2005年，洋山深水港區順利開港，洋山保稅港區同步封關運行，洋山保稅港區也是我國第一個保稅港區。 
 2005年，上海高等級內河航道建設工程全面啟動。 
 2006年，長三角16城市港口管理部門建立協調合作機制。 
 2006年，國務院批準籌建上海中國航海博物館。 
 2007年，上海港集裝箱吞吐量晉升世界第二。 
 2008年，開展“加快上海國際航運中心建設”調研課題研究。