我國航運業涉及稅項 　　船舶投資和處置環節
　　根據我國《進出口關稅條例》和《增值稅暫行條例》，當居民航運企業購買或建造船舶時，如果船舶來自境外，且需要掛五星紅旗，則視同進口貨物須交納關稅和增值稅。進口船舶的關稅、增值稅綜合稅率為27.53%。此外，根據《城市維護建設稅暫行條例》和《征收教育費附加的暫行規定》，對于居民企業還需征收應繳增值稅額的10%的城市維護建設稅和教育費附加，約為船舶進口未完稅價格的1.85%，則進口船舶共須繳納29.38%的稅款。
　　根據《企業所得稅法》，當居民航運企業對船舶進行處置時，如果所得款項超過船舶帳面價值，則超過部分應繳納企業所得稅，適用稅率一般為25%。
　　船舶租入、租出環節
　　根據《營業稅暫行條例》規定，當居民航運企業出租船舶時，應按租金收入的5%繳納營業稅，同時還應繳納營業稅額10%的城市維護建設稅和教育費附加。應納稅總額為租金收入的5.5%。
　　根據《營業稅暫行條例實施細則》和《企業所得稅實施條例》的規定，當居民航運企業租入船舶時，居民航運企業作為營業稅、城市維護建設稅、教育費附加和所得稅的扣繳義務人，應當代出租方繳納租金收入的5.5%的營業稅及其附加和10%的企業所得稅。應納稅總額為租金支出的15.5%。
　　航運公司日常運輸經營環節
　　根據《營業稅暫行條例》和《營業稅暫行條例實施細則》的有關規定，居民航運企業的運費收入應繳納3%的營業稅，同時應繳納營業稅額10%的城市維護建設稅和教育費附加，總計應納稅款為營業收入的3.3%。需要說明的是，根據修訂的《營業稅暫行條例》的有關規定，營業稅的納稅范圍由過去的“起運地原則”調整為“企業所在地原則”，即居民航運企業不僅應將源于中國的運費收入作為計稅依據，而且也包括了其承運的與中國無關的第三國貨物所獲得運費收入，也就是說居民航運企業將就其全球獲得的運輸收入繳納營業稅及其附加。
　　根據《企業所得稅法》的規定，我國居民航運企業應按其實際利潤總額繳納企業所得稅，普通稅率為25%。
　　航運公司員工獲得工資收入環節
　　根據《個人所得稅法》的規定，航運公司的居民員工應就其個人工資、薪金繳納個人所得稅，所得稅月基本扣除額為2000元，基本扣除額之上的月工資收入實行九級累進稅率，稅率從5%到45%不等。對于遠洋船員給予了一定的優惠，月基本扣除額提高到4800元。此外船員尚需從工資和薪金中扣繳一定比例的社會福利金，同時航運公司也需代船員上繳一定比例的福利津貼。
　　除上述提及的稅項外，當居民航運公司船舶維護時進口船舶配件也需繳納關稅、增值稅及附加；當居民航運公司簽訂各類合同、契約時還需繳納印花稅。
　　典型航運國家和地區
　　航運業稅收狀況
　　美國
　　對于航運公司只征收企業所得稅，盡管稅率與美國其他行業一致，相對其他國家較高，但美國允許通過快速折舊、基本建設基金、建設準備基金等方式延遲納稅。同時，美國政府通過海運安全計劃給予美國旗船以補貼，以及貨載優先等政策，保證其戰略物資的運輸。同時，2004年開始，根據美國法律，遠洋運輸及其輔助服務可以采用噸稅制代替原有的根據實際所得納稅的所得稅制，盡管采取噸稅制后快速折舊、CCF、CRF等政策已經無效，但噸稅制穩定且極低的稅率更有利于航運公司長期穩定經營。
　　日本
　　對于航運公司只征收企業所得稅。日本企業所得稅率是全世界最高的國家之一，但對于航運公司有若干政府補貼、折舊政策和延期納稅政策用以支持鼓勵航運公司采用先進船舶、提高船舶技術狀況和節能環保水平。根據最新動態，2008年起，日本對航運公司采取噸稅制，代替傳統的所得稅制，這將大幅降低日本航運企業的經營負擔。
　　歐洲
　　德國、荷蘭、英國、希臘等許多歐洲國家目前已經采用噸稅制作為航運公司的所得稅制。此外，德國曾經采用KG融資模式，通過免稅的優惠，大量吸引民間資本進入航運，對資金統一調度和利用，這正是德國控制運力快速發展的重要原因。
　　香港
　　香港稅制簡單而透明，對于所有公司都對其源于香港的所得征收16.5%的公司所得稅，除此之外沒有其它稅費負擔。
　　上述稅收政策均為公司經營期間涉及的主要稅項，而對于買造船，上述國家和地區基本沒有關稅和增值稅。此外，由于船員屬于危險特殊職業，瑞典、新加坡、菲律賓等國完全免征船員所得稅，英國、日本、荷蘭、中國香港等都有減免船員所得稅的法規，同時各國和地區針對船員繳納社會保險福利基金也無硬性規定，因此船員名義收入與實際收入（扣除所得稅、社保等福利后的收入）相差無幾。
　　稅收效果分析
　　相對于世界主要航運國家和地區，在我國注冊成立居民航運企業首先在進口船舶環節就比海外競爭對手增加了近30%的稅收成本，輸在了“起跑線上”；其次，在日常經營中，我國居民航運企業無論企業盈虧都將按照營業收入繳納3%－5.5%不等的營業稅及附加，而海外企業基本無此項稅收負擔，對于航運這一高營業收入、微利且波動巨大的行業來說，營業稅又成為我國企業的“緊箍咒”。此外，我國除遠洋船員享受一定的個人所得稅優惠外，船員并不比陸上工作人員享受更多的稅收優惠，使得我國船員實際工資與名義工資存在較大差距，船員這一職業也就不具有吸引力。
　　航運業最主要的資產一是船舶、二是有經驗的船員，而兩項資產的流動性決定了航運公司本身具有較強的流動性。哪里的經營環境適合，航運公司就會選擇哪里作為經營場所。因此高額的稅賦不僅無助于財政收入的增加，而且還會使航運企業、船舶從我國流失。政府在失去了財政收入的同時，也失去了對船隊的實際控制能力。目前我國控制運力中大量船舶注冊方便旗，航運公司總部遷往海外都說明了我國的航運稅收政策效果不佳，存在改進的余地。
　　政策建議
　　目前我國稅制是以流轉稅為主的體制，大規模全面改革稅制缺乏可操作性。但目前我國正在建設中的國際航運中心可以成為稅制改革的平臺和試點，通過制度創新，一方面為我國遠洋運輸企業改善經營環境，另一方面也可促進航運要素向建設中的國際航運中心聚集，客觀上還可以促進我國高端航運服務產業發展�？刹扇〉暮竭\稅收環境改善措施包括：
　　1．注冊在國際航運中心的船東及航運公司免收營業稅及其附加。
　　2．注冊在國際航運中心的船東及航運公司免收其船舶及配件進口關稅、增值稅；或將中資國際航行船舶特案免稅登記政策常態化。
　　3．為上述船東及航運公司服務的船員，符合一定條件，給與個人所得稅減免，非付現福利扣繳部分適當減免。
　　4．將稅收優惠安排與航運投融資模式創新相結合，吸引鼓勵民間資本進入航運業。
　　5．設計合理的噸稅制體制代替原有的企業所得稅制；或參照香港做法僅就源于中國的航運企業所得征收所得稅。