2009年12月30日，南京港口集團公司和中國外運長航集團有限公司重組合作拉開序幕。為深化港航全面戰略合作關系，雙方以打造南京江海型主樞紐港為目標，通過資本聯合、業務整合，實現雙方資源共享、功能互補、聯動發展、合作共贏。
 雙方商定，圍繞建設南京長江國際航運物流中心的目標，立足南京，聯系內地，把重組后的新公司建設成為長江下游集裝箱樞紐港口、長江三角洲地區散雜貨業務中心港口和長江流域能源中轉港口，成為連接內陸廣大腹地、溝通中東西部的重要航運物流樞紐，成為長江流域國際性、多功能、綜合型江海轉運主樞紐港。